Il sistema della salute e della sanità si è trasformato negli ultimi decenni da mondo delle cure e di applicazione dei frutti della ricerca biomedica, a gigante sociale ed economico, che oltre a gestire servizi complessi di prevenzione, terapia e riabilitazione, amministra una quota cospicua della ricchezza nazionale ed opera importanti transazioni economiche. Soprattutto se lo si guarda al di fuori degli schemi consueti, per così dire in controluce, appare con evidenza come l'intreccio tra vecchio e nuovo renda il sistema particolarmente complesso, e come coesistano in sanità diversi piani di intervento e di governo, che non dialogano sempre in maniera adeguata tra loro.
L'area economico-finanziaria, forza ed al tempo stesso minaccia del sistema, presenta problemi non indifferenti, dai disavanzi, alla cronica crisi di liquidità, ai ritardi nei pagamenti, al problema delle tariffe, a quello della compartecipazione alla spesa, alla definizione dei Livelli essenziali e dei loro costi standard. L'area della gestione dei servizi, vero core del sistema, presenta visibili difficoltà a rinnovarsi, nella assistenza ospedaliera come nella medicina del territorio, nella qualità delle prestazioni come nella appropriatezza. L'area degli assetti istituzionali e delle relative trasformazioni, nella quale si gioca una parte notevole e spesso eccessiva delle energie del sistema, è attraversata dalle sfide strategiche e di governo nell'organizzazione delle aziende sanitarie e ospedaliere, nei compiti degli Assessorati regionali, nel ruolo dei soggetti centrali di coordinamento e controllo, nel rapporto tra Stato e Regioni, nell'accompagnamento dei Piani di rientro, nei Patti per la salute, nel rapporto con le strutture private.
Tra il peso delle sfide economico-finanziarie, un core di servizio preso dalla necessità di innovare e il dispendio di energie nella conflittualità interistituzionale, il sistema nel suo complesso appare sotto sforzo. Da qui la esigenza di provare a ribaltare le logiche consuete di analisi, puntando alla messa a fuoco di alcuni importanti punti critici nel sistema, che possono fungere da chiave di volta per il superamento delle difficoltà del settore.

La Fondazione Farmafactoring nasce nel 2004 con l'obiettivo di raccogliere sotto un'unica entità le attività culturali e progettuali già iniziate da Farmafactoring al fine di valorizzarle e potenziarle. Al fine di monitorare costantemente l'evoluzione del mercato finanziario-sanitario, ha costituito un centro di studi e ricerche composto dal Cergas-Bocconi, Fondazione Cer-NIB e dalla Fondazione Censis e intrattiene importanti rapporti con l'Amministrazione centrale.